Changeset 824

Timestamp:

09/09/07 12:26:23 (3 years ago)

Author:

luc

Message:

Fct calc_prob_recomb seems functional

Location:

luc/trunk

Files:

• calc_prob.cpp (modified) (3 diffs)
• gen_seq.hpp (modified) (1 diff)
• main.cpp (modified) (2 diffs)
• vectorized_gen_seq.cpp (modified) (1 diff)

luc/trunk/calc_prob.cpp

@@ -100 +100 @@
                         
                 for (int loc = 1 ; loc<3 ; loc++) { 
+                        double rho_app ; //rho applicable dans la situation ;
+                        if (loc == 1) rho_app = rhoT ;
+                        else rho_app = rho-rhoT ;
+                        
                         if (iter->valeur_item[2*loc+1] != 0) { 
                         type_after = type_recomb(n_conta, iter->id, loc, family) ;
@@ -109 +113 @@
                                                 
                         construire_Taux(taux_eve,
-                                                prior_prob*(nj+1)*(nk+1)*rhoT/(an_array[6]*rho*(ncase+ncont)*(n_app+1)),
-                                                                evenement, iter->id, 0, type_after[3], type_after[4])   ;
+                                                prior_prob*((double) nj+1)*((double) nk+1)*rho_app/(an_array[6]*rho*((double) ncase+ (double) ncont)*((double) n_app+1)),
+                                                                evenement, iter->id, 0, type_after[2], type_after[3])   ;
+                        vect.push_back(taux_eve) ;
                         }
                 }
@@ -125 +130 @@
         v = calc_prob_C_intra(v, n_cont, my_prior_array,ncas,ncont) ;
         calc_prob_C_inter(v, n_cont, fam, my_prior_array, ncas, ncont) ;
+        calc_prob_recomb(v, n_cont, my_prior_array, ncas, ncont, 0) ; // Couvre rec_cas ;
+        calc_prob_recomb(v, n_cont, my_prior_array, ncas, ncont, 1) ; // Couvre rec_tem ;
         return(v) ;
 };

luc/trunk/gen_seq.hpp

@@ -215 +215 @@
 
 int * type_recomb(vector<Count> n_conta, int id, int locus, int dest) ;
+
+void calc_prob_recomb(vector<Taux> &vect, vector<Count> n_conta, double * an_array, int ncase, int ncont, int family) ;

luc/trunk/main.cpp

@@ -1190 +1190 @@
 //   completer_info(nouv_test) ;
 //   n_container.push_back(nouv_test) ;
-//   check_compatibility(compa, n_container, (--n_container.end())->valeur_item) ;
-//   les_taux = calc_prob_eve(n_container, compa, Prob, n_case, n_control) ;
+     check_compatibility(compa, n_container, (--n_container.end())->valeur_item) ;
+         les_taux = calc_prob_eve(n_container, compa, Prob, n_case, n_control) ;
 //   
 //   for (vector<Famille>::iterator iter = compa.begin() ; iter != compa.end() ; ++iter) {
@@ -1199 +1199 @@
 //   }
 //   
-//   for (vector<Count>::iterator ui = n_container.begin(); ui != n_container.end(); ++ui) {
-//                      
-//              cout << ui->id << ": " << ui->count << endl ;
-//                      
-//  } ;
-//      
-//   for (vector<Taux>::iterator iter = les_taux.begin() ; iter != les_taux.end() ; ++iter) {
-//        cout << "Type : " << iter->type_eve << " Prob. : " << iter->taux << endl ;
-//   }
-//   
+   for (vector<Count>::iterator ui = n_container.begin(); ui != n_container.end(); ++ui) {
+                        
+                cout << ui->id << ": " << ui->count << endl ;
+                        
+  } ;
+        
+   int go = 1 ; 
+  for (vector<Taux>::iterator iter = les_taux.begin() ; iter != les_taux.end() ; ++iter) {
+          cout << go << ": " << "Type : " << iter->type_eve << " Prob. : " << iter->taux << endl ;
+          cout << "Type enf1 : " << iter->enfant1 << " Type enf2 : " << iter->enfant2 << " Type par1 : " << iter->parent1 << " Type par2 : " << iter->parent2 << endl ;
+          go++ ;                
+  }
+   
                 
   return(0) ;

luc/trunk/vectorized_gen_seq.cpp

@@ -171 +171 @@
 int * type_recomb(vector<Count> n_conta, int id, int locus, int dest) { //Rend un vecteur des types de séq après recombinaison ;
         
-        int * type_after = new int [4] ; // Position 0 : Seq comportant le site anc. sous sel. ; 1:Seq cas ; 2:Seq control ;
+        int * type_after = new int [4] ; // Position 0 : Indice dans n_conta de seq comportant le site anc. sous sel. ; 1: Indice de l'autre sequence ; 2: Id de la seq en position 0 ; 3: Id de la seq en position 1 ;
         if (locus == 1) {
                 int id_div = (id/100000)*100000 ;